Après une évocation rapide de la Réforme à ses débuts à travers gravures, médailles et livres anciens, il se divise en trois sections qui permettent un parcours chronologique :
- « La Rochelle protestante »,
- « Le temps du Désert, 1685- 1787,
- « Hier et Aujourd'hui ».
Malgré son nom, le Musée rochelais d'histoire protestante n'est pas purement historique, mais correspond à ce que la Direction des Musées de France appelle un «Musée de spiritualité» : il a vocation d'ouvrir à la fois sur les évènements du passé et sur le fait religieux.
A travers l'évolution de la ville de La Rochelle qui a été le « Boulevard de la Réforme », le visiteur verra beaucoup de guerres et de violences où les intérêts particuliers ont joué leur rôle. L' ambition de ce Musée est que ce visiteur découvre aussi la passion d'hommes et de femmes pour ce qu'ils considéraient comme la vérité à défendre à tout prix et le lent et difficile avènement de la tolérance.
Ses collections
Un inventaire est consultable sur place aux Archives municipales.
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| Plat de l'atelier de Palissy | Plan Braun&Hogenberg 1573 | Insigne des gueux | Psaumes de David |
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| Le grand siège de 1627/28 | Cathérine de Parthenay | Méreau de la Tremblade |