Durant l’époque moderne, les protestants français et notamment les rochelais doivent affronter la persécution. Ils ont dû s’enfuir ou vivre dans la clandestinité. Malgré la répression, pour ceux restés en France, ils réussirent à préserver leur foi, ils organisèrent le culte "du désert".
A partir de 1685, l’édit de Fontainebleau révoque l’édit de Nantes : tous les temples sont démolis, le culte protestant est interdit. Commence alors pour les nouveaux catholiques un temps de souffrance et de clandestinité. C'est la période la plus sombre pour le protestantisme français car le royaume de France considère dès 1685, qu’il n’y a plus de protestants en France. En effet, après 1685, ils sont privés de toute existence légale s’ils ne veulent pas se soumettre aux règles de l’Eglise catholique. Le culte est interdit, les temples rasés, les pasteurs emprisonnés ou exécutés.
Certains protestants Français préfèreront quitter le royaume et d’autres (ne pouvant quitter leur terre ou leur entreprise) préfèreront se convertir en masse, mais la plupart du temps sous la contrainte. Pour les nouveaux convertis ce ne sera en réalité qu'une abjuration de façade, une pratique du catholicisme en apparence.
- Peu après l’édit de Fontainebleau, les "nouveaux convertis" se rassemblent clandestinement à l’appel de prédicants, dans des lieux isolés, comme les forêts. Pour beaucoup, ils risquent de grosses peines. Pour les hommes ce sont les galères et pour les femmes la prison. Les assemblées au désert se mettent alors en place. Elles sont très nombreuses dans le Languedoc et les Cévennes. Une Eglise clandestine se met alors en place avec des milliers de fidèles, des cultes nocturnes s’organisent loin des villes et des villages. Une poignée de fidèles maintiennent comme ils le peuvent la flamme du protestantisme. Les condamnations « pour cause d'assemblée » se poursuivront jusqu'à la Révolution.
- Les protestants qui préfèrent fuir les persécutions, quittèrent la France pour s’exiler dans les pays dit du Refuge. Au total, ce sont 200 000 protestants français qui choisissent l'exil dans les pays voisins, appelés « Europe du Refuge » ou leurs colonies respectives. De nombreux habitants de l'Aunis, de l'Angoumois, de Saintonge ou du Poitou préfèrent ainsi l'exil. Au total, en Poitou, environ 18 000 personnes prennent le chemin du Refuge. Pour s’enfuir, les protestants choisissent la plupart du temps la voie maritime. Les protestants de la région se dirigent donc vers la ville de La Rochelle, avant d'embarquer sur des vaisseaux pour rejoindre la Hollande, l'Angleterre, ou encore l'Amérique. Les autorités de La Rochelle tentent malgré tout de les intercepter avant leur embarquement. Plusieurs pays sont donc concernés par cet exil: tout d’abord l’Angleterre et l’Irlande (qui sont des foyers protestants) puis la Hollande.