Entre 1561 à 1598, la France connut une période bien sombre de son histoire et sans doute l’une des plus sanglantes de son époque moderne. Ces années sont rythmées par des guerres opposant catholiques et protestants et des trêves. Au total, huit guerres de Religion en trente ans.
En mars 1562, un groupe de protestants de Wassy est surpris par les soldats de François II de Guise en train d’écouter une messe dans une grange du village. L’édit de Janvier, qui avait été signé le 17 janvier de la même année, donnait le droit aux protestants de célébrer leur culte à l’extérieur des villes, et non à l’intérieur. Le duc de Guise les considérant hors la loi, envoie ses soldats qui massacrent les protestants. Cet événement marque le début de la première guerre de Religion (1562-1563). Il faudra attendre le 19 mars 1563 pour que Catherine de Médicis et les protestants signent la paix d’Ambroise (paix qui donne l’autorisation aux protestants de célébrer leur culte dans la maison du seigneur qui a le droit de justice).
Après quatre années de tranquillité, la noblesse protestante est à l’origine de la reprise de la guerre (deuxième guerre de religion de 1567-1568). Celle-ci se terminera le 23 mars 1568 par la signature de la paix de Longjumeau, qui renouvelle la paix d'Amboise.
Mais très peu de temps après, la guerre (1568-1570) reprend de plus belle car la régente voulait faire arrêter les Condé et de Coligny. Apres deux victoires catholiques, la paix de Saint-Germain-en-Laye est alors signée. Cette dernière est très importante car elle donne aux protestants quatre places de sureté, dont La Rochelle (avec aussi La Charité, Montauban et Cognac).
La quatrième guerre de Religion commence deux ans plus tard (1572-1573) : Henri de Navarre épouse Marguerite de Valois. Mais durant la noce, les tensions entre catholiques et protestants reprennent. L’affrontement entre les deux recommence et se solde le 24 août 1572 par le massacre, ordonné par Catherine de Médicis, des protestants de Saint-Barthélemy et notamment celui de l'amiral de Coligny, chef du parti huguenot.
Aussitôt après s’ouvre la cinquième guerre de Religion (1574-1576) qui se termine par la paix de Beaulieu-lès-Loches. Cette paix donne aux protestants la liberté de culte ainsi que huit places fortes et condamne le massacre de la Saint-Barthélemy.
Aussi en 1576, la guerre reprend et se termine un an après avec le traité de Bergerac (1577) qui modifie la paix de Beaulieu précédemment établie : dans les villes protestantes, le culte catholique peut désormais avoir lieu.
La septième guerre de Religion en 1580, dite aussi Guerre des Amoureux, est due à une querelle entre Marguerite de Valois et Henry III. Ne durant que quelques mois, cette guerre prend fin avec la signature de la paix de Fleix.
Enfin, la dernière guerre, la plus longue est aussi appelée guerre « des trois Henri ». Catholiques et protestants sont en conflit, chacun remportant des victoires sur l’autre. Mais en 1588, Henri III assassine le duc de Guise, ce qui a pour effet immédiat de provoquer des émeutes dans le royaume. Lui-même sera assassiné en 1589.
Henri IV abjure la foi protestante en 1593 et l’édit de Nantes est signé le 30 avril 1598.