En 1620-1621, malgré l’interdiction du roi, les huguenots de France tiennent leur assemblée politique à La Rochelle. Louis XIII en profite pour prendre la tête de ses troupes et imposer son autorité aux récalcitrants. Sur son passage, toutes les places de sûreté présentent leur soumission. En 1622, les troupes royales édifient le fort Saint-Louis (ou Fort-Louis). En 1627, La Rochelle est la dernière des places de sûreté en mesure de résister à un pouvoir qui se veut de plus en plus absolu.
En juillet 1627, l’armée navale anglaise arrive à l’île de Ré. Elle est rapidement suivie par les troupes françaises, dirigées par le duc d’Angoulême qui ordonne aux Rochelais de ne pas aider les Anglais. Dès le mois d’août, les troupes royales s’installent devant La Rochelle et commencent à intercepter les approvisionnements de la ville. De leur côté, les Rochelais commencent à préparer leur défense avec la construction du fort de Tasdon. Le 10 septembre, La Rochelle tire son premier coup de canon contre les troupes royales du Fort-Louis. C’est le début du siège... L’armée royale encercle la ville grâce à une ligne de forts reliés. Le 12 octobre, Louis XIII arrive au camp accompagné de son ministre, le cardinal de Richelieu.
Le 8 novembre, les Anglais sont vaincus à l’île de Ré et doivent repartir. A La Rochelle, l’édification de la digue débute en novembre. Pour cela, 59 navires remplis de pierre sont coulés. Ainsi, La Rochelle ne peut plus recevoir de vivre. Le roi espère donc contraindre la ville à ouvrir ses portes en l’affamant. Après le départ des Anglais, l’action de quelques députés rochelais partis supplier le roi d’Angleterre d’envoyer des secours à la ville permet deux tentatives de ravitaillement qui finiront par échouer.
En 1628, Jean Guiton devient maire de la ville. Ce dernier, soutenu par les pasteurs, parvient à calmer les habitants qui ont ainsi économisé les vivres. Ils vont tenir jusqu’à l’automne 1628. A partir de là, de nombreux Rochelais, affamés, vont mourir.
Le 27 octobre, les représentants de la ville vont rencontrer le cardinal de Richelieu. Les Rochelais ne peuvent pas négocier au nom du parti huguenot. Le 29, la capitulation est signée et La Rochelle est cédée au roi. Le 30, les troupes royales pénètrent dans la ville, contrainte d’ouvrir ses portes. Le 1er novembre, Louis XIII entre dans La Rochelle. Le 18 novembre, la ville perd la plupart de ses libertés et de ses privilèges. L’amnistie est tout de même accordée et l’exercice de la religion est laissé libre. Cependant, avec la chute de la ville, le parti huguenot est anéanti.