La Réforme est une grande révolution religieuse qui gagne toute l’Europe en quelques années. Martin Luther, dans les pays germaniques, est à l’origine de ce mouvement de contestation de l’Eglise établie. La Réforme française reçoit sa doctrine et son organisation de Jean Calvin.
La Rochelle, de son côté, devient protestante et même capitale du parti réformé durant le XVI siècle. A cette époque, la ville est déjà une grande capitale atlantique, ouverte sur le Nouveau Monde. Le pasteur Pierre Richer est à l'origine de la première Eglise réformée de la Rochelle. Il arrive dans la ville au cours de l’été 1558. La Rochelle reste neutre durant les premiers conflits. Ce qui va la faire réagir à tous ces évènements est le massacre de Wassy, en 1562, qui provoque la colère de ses habitants. Ce massacre plonge le royaume dans la guerre civile. C’est le début des guerres de Religion (1562-1598) qui se termineront avec l’Edit de Nantes.
Après l’Edit d’Amboise, en 1563, la ville profite de la politique de compromis menée par Catherine de Médicis pour obtenir le droit de célébrer le culte réformé à l’intérieur de la ville. En 1568, La Rochelle se rallie au parti protestant. Ainsi, tous les chefs tels que Jeanne d’Albert et son fils, le futur Henri IV, Condé, Coligny ou encore les Rohan se retrouvent dans la ville. C’est pendant les guerres de Religion que la ville devient la véritable capitale du parti huguenot.
En 1571, la ville reçoit le 7e synode national. Un texte important est arrêté : la « Confession de foi des Eglises réformées du Royaume de France ».
En 1572, le massacre de la Saint-Barthélemy anéantit les espoirs de paix entre les catholiques et protestants suscités par le mariage d’Henry de Navarre avec Marguerite de Valois, sœur du roi. A la fin de l’année, les Rochelais entrent en conflit avec le roi qui veut leur imposer un gouverneur. Leur opposition va entraîner un siège qui commence en décembre et se termine en juin 1573 par une paix de compromis.
Après l’Edit de Saint-Germain (1570), qui fait de La Rochelle, avec Montauban, la Charité-sur-Loire et Cognac, une des quatre places de sûreté concédées aux protestants, la paix de Monsieur est signée en 1576. Ce texte l’exempte définitivement de gouverneur et de garnison. La ville a maintenant le privilège de se gouverner elle-même.
La Rochelle est donc une ville totalement indépendante du pouvoir royal de 1568 à 1598.